作成ソフト
冊子印刷のデータ作成は、Illustrator や Photoshop など Adobe社のソフトを使用するのが今や主流です。
ただし、写真集や同人誌、卒業アルバムのように、写真や画像をメインとする冊子とは異なり、論文や研究報告書のようにテキストによる文字情報が中心でページ数もかさむような冊子では、今でも Office系のソフトを使用する方がまだまだ多くいると思います。
ここでは、各ソフトのメリットとデメリットを併せて紹介します。
Adobe社のソフト（Illustrator,Photoshop,InDesign）
Illustrator
レイアウトの自由度が非常に高く、慣れれば自由自在にテキストや画像の配置、微調整が可能です。
また、各バージョン間の互換性も高いのがメリットです。
しかし、元々のコンセプトがその名の通り「イラストを描画する為のソフト」なので、基本的にはページという概念がなく、ページ数の多い冊子用のデータを作る場合、基本的にはページ数に応じて作成するファイル数も増えてしまうというデメリットがあります。
Photoshop
彩度や明度など画質の調整から色の置き換えや画像のサイズ変更、変形、さらに影や照明など特殊効果も豊富なので、写真や画像が多い場合に簡単に加工が施せるのがメリットです。
しかし、Illustrator と同様でページという概念がない点、また、テキスト中心の場合は編集機能が乏しい点などが、論文や研究報告書といった冊子の作成では不向きであり、デメリットだといえます。
この点では、後述する InDesign の方が冊子レイアウトには適していると言えます。
InDesign
ページの概念があり、どのタイミングでも自由にページを増やしていく事が可能であり、
更にテキストに関する設定も豊富なので、ページ数の多いテキスト中心の冊子には大きなメリットです。
しかし、最終的に印刷を依頼することになる印刷会社の方が InDesignに対応していない場合も多い為、
そのままではデータ入稿できないという点がデメリットになります。
（※ただし、PDFに書き出せば大抵の場合は問題なく対応してもらえると思います）
Office系のソフト（Word,Excel,Powerpoint,その他）
Microsoft社のソフト
Office系ソフトといえば、最大手はやはり同社の Word,Excel,Powerｐｏｉｎｔといったソフトです。
その中でも、今回のテーマである論文や成果報告書などの冊子は、やはりテキストが中心となるので、
ページ数の多い冊子ものでは Word も多く使用されていると思います。
プレゼン用（発表用）資料でも Powerpoint やWord を使用している方が多いでしょうし、同社のソフトは、
「日常的に使用している身近なソフト」である事が、やはり操作性なども含め最大のメリットと言えます。
しかし、Office系ソフトで作成したデータは、PCのOSやソフトのバージョンなど、環境の異なる相手とデータの受け渡しを行った際、文字化けや別フォントへの置換、テキストや図表など全体の配置の崩れなど、
レイアウトに意図せぬトラブルが生じるリスクもある点で、大きなデメリットと呼べます。
また、印刷会社によっては、Office系データの入稿に対応していなかったり、受け付けてもらえない、対応してもらえない場合もありますので、印刷を依頼する業者は、事前に確認をとって調べておくと良いでしょう。
（※ただし、InDesign と同様でPDFに書き出して入稿すれば、ほぼ問題ないと思います）